Фонды Музея Новосибирска содержит документы и экспонаты, обширную видеотеку, значительное библиотечное собрание.

Основой для формирования фондов стало творчество основоположника российской и мировой космонавтики Юрия Кондратюка.

На данный момент экспонаты из коллекции музея доступны для просмотра в Государственном каталоге Музейного фонда Российской федерации.