Двухэтажное кирпичное здание было построено вблизи устья речки Каменки, в квартале № 1 Закаменской части поселка Новониколаевского.

Здание сооружено для управляющего Томским имением Алтайского округа Кабинета Его Императорского Величества в 1899 – 1900 годах. Согласно документам, выявленным сотрудником Новосибирского государственного краеведческого музея Н.А. Мининой в Российском государственном историческом архиве в фонде Кабинета Его Императорского Величества (ф.468), здание проектировалось непосредственно в Кабинете в Санкт-Петербурге в эклектичном стиле «казенной» архитектуры, чем и объясняются некоторые нехарактерные для нашего города архитектурные детали.

Должность Управляющего Томским имением Алтайского округа, как и само Томское имение, учреждены указом 11 апреля 1896 года «Об изменении в некоторых частях существующего устройства Управления Алтайским горным округом». Управляющий Томским имением подчинялся начальнику Алтайского округа и с момента учреждения должности находился в Новониколаевске. Управляющий ведал охраной и эксплуатацией лесов, организацией сдачи в аренду земельных участков на территории имения, отводом земли для переселенцев.

Томское имение, наряду со всеми остальными, ликвидировано в апреле 1911 года с передачей функций лесничествам и арендным районам.

Здание было признано памятником истории в 1990 году и ошибочно наименовано как «Контора строительства железнодорожного моста через р. Обь (1897 г.)». В 1996 году сотрудниками Научно-производственного центра по сохранению историко-культурного наследия Новосибирской области Л.Л. Матвеевой и А.Ю. Ложкиным были проведены исследования, итогом которых была атрибуция здания – «Дом управляющего Алтайского округа».

В здании управляющего Томским имением город Новониколаевск получил «независимость» от Кабинета – здесь 6 декабря 1907 года был подписан нотариальный договор о выкупе городом кабинетских земель между начальником Алтайского округа Иваном Андреевичем Ульрихом и исправляющему должность Ново-Николаевского городского старосты купцом Григорием Максимовичем Кузнецовым и его помощником Петром Афанасьевичем Кущевским. Договор заверен нотариусом Василием Сергеевичем Кашиным (ГАНО: Фонд Д-97, Оп. 1, Д. 20, Л. 1-2).

Серия почтовых карточек с видами Новониколаевска, изданная Н.П. Литвиновым в 1902-1903 годах, содержит открытое письмо с видом здания-памятника, которое наименовано как «Дом Алтайского округа».

После Февральской революции здание использовалось как «арестное помещение». В дальнейшем, в нем находилась милиция, уездный земельный отдел, Октябрьский райком ВКП(б), Октябрьский народный суд, Западно-Сибирское управление внутренних дел на транспорте и другие организации.

В настоящее время в здании размещены выставочные залы Музея Новосибирска и планируется создание постоянной экспозиции, посвященной древней истории нашего города, появлению и развитию первых русских поселений в современных границах Новосибирска, строительству железнодорожного моста и первым годам становления будущей столицы Сибири.